En el año 622, es decir, doce años después de iniciada su predicación, Mahoma y la incipiente comunidad musulmana de La Meca deciden emigrar a la ciudad de Yatrib, vecina de Medina, para huir de la persecución de que eran objeto. Dicho año, llamado de la Hégira (en árabe, hiyra, "migración"), marca el inicio del calendario musulmán. Mahoma y sus correligionarios habían sido invitados a trasladarse a Yatrib para que actuaran de árbitros en las frecuentes disputas entre las dos tribus de la ciudad, los 'Aws y los Jazray. La mayoría de los habitantes de la ciudad aceptaron a Mahoma como jefe. En las inmediaciones de la ciudad se construyó la primera mezquita, llamada mezquita de Quba, y ya en la ciudad la casa de Mahoma fue el primer gran lugar de oración y encuentro entre musulmanes. Su estructura, con un edificio precedido de un gran patio, sirvió en lo sucesivo como modelo para la construcción de las mezquitas.
Los habitantes musulmanes de Yatrib sostuvieron numerosas escaramuzas y batallas contra los politeístas de La Meca, la última de las cuales dio lugar a un armisticio que permitió a Mahoma peregrinar a su ciudad natal en marzo del 629, visita que propició la conversión al islam de importantes personajes mequíes. Un mes después, los musulmanes de Medina decidieron marchar sobre La Meca. El caudillo Abu Sufyán, enviado a detenerles, se convirtió al islam y la ciudad no tuvo más remedio que capitular. La Meca se convirtió así en centro espiritual del islam, aunque el centro de poder siguió estando en Yatrib o Medina hasta el advenimiento de la dinastía omeya, que trasladó la capital a Damasco.En Medina murió Mahoma en junio del 632. Fue enterrado en el patio de su casa, que luego se convirtió en la Mezquita del Profeta o Mezquita Masjid al-Nabawi, la segunda en importancia después de la de La Meca, hacia la que se inclinan los musulmanes al rezar.
